早期为无痛性阴囊肿物，疣状或丘疹样，进一步可呈菜花状，质地变硬。肿瘤的生长速度个体差异较大，有的可多年变化不大而突然生长速度加快。肿瘤的中央可出现坏死及溃疡，伴有感染时流脓血，味臭，局部疼痛。50%以上的病人就诊时有同侧腹股沟淋巴结肿大。晚期肿物可侵及阴茎及阴囊内容物，发生血行转移。全身症状不明显。
诊断主要根据临床表现，但应注意病人在出现皮疹前可有数月或数年的局限性阴囊瘙痒或烧灼病史。对久治不愈的阴囊湿疹、皮炎、溃疡，医师应有充分的警惕，考虑到阴囊癌的可能性，局部组织病理活检是最有力的诊断。对于肿大的腹股沟淋巴结，亦应活检以确诊是炎性或确系转移。虽然阴囊癌转移至腹膜后淋巴结等远处者甚少见，但一旦有可疑，亦应用B超、CT、MRI及细针穿刺活检等帮助诊断、明确分期。
在阴囊癌的诊断上尚缺乏特异性和敏感性的肿瘤标记物，但近年来免疫组织化学及分子生物学诊断技术亦已开始用于阴囊癌的诊断和预后，而发病与人乳头状瘤病毒(HPV16等)的关系，亦在注意和研究中。如国内已有用免疫组化法检测阴囊癌、癌旁组织和正常组织中癌基因ras产物p21蛋白的表达，证明与病理分级和分期呈正相关，可用作诊断阴囊癌的早期复发、转移和估计预后优劣的指标。又如在阴囊癌病例中发现HPV16型阳性者抑癌基因TP53累积突变，P16INK4A、P15INK4B纯合子遗传物丢失，可用作阴囊癌估计预后的肿瘤标记(Garan，1999)。
