胰腺结石的病因迄今尚不十分明了，从大量资料统计的结果证明，胰石症与饮酒有关，饮酒时间长、量大者则易形成胰结石的病例中例)发病年龄多在30～50岁，每日饮酒量平均在、蛋白摄入量100g、脂肪摄入量90g。今村报道45例胰腺结石，其中43例饮酒长达10年以上。此外，胰石症与家族史有关亦有报道，日本已报道10多个家族患此症。其他如胆道疾病、甲状旁腺机能亢进，亦与之有关。蛋白质长期缺乏亦可造成胰腺的细胞变性、纤维化等与胰石症相类似的改变。
长期嗜酒则胰液中蛋白质的浓度明显增高，形成蛋白质沉积。在胰管内沉淀的蛋白质栓经钙化而形成结石。在正常人与慢性胰腺炎病人的血中有一种胰石蛋白(Pancreatic)。PSP通过结合而封锁碳酸钙的活性，从而抑制碳酸钙的沉淀。当长期嗜酒或营养不良等因素则PSP分泌减少，胰液中过饱和的碳酸钙不再受其抑制而形成结晶沉淀。这些碳酸钙结晶沉淀于脱落的上皮细胞、粘膜、胰酶以及非酶的胰铁蛋白等的网络状结构上，加之这些结晶表面的电位活性高以及网络状结构表面积大，一些金属离子通过吸收沉淀到网络上，经过一定时间的沉积则形成结石。胰结石含碳酸钙约占955，表面层尚含有钙、铬、镁等。