常见表现有：发热(>50%)，腰背痛或神经根痛(85%)，运动障碍(82%)，感觉缺失(58%)，膀胱和直肠功能障碍(53%)。
与硬脊膜外脓肿很相似，硬脊膜下脓肿的发展可分为3个阶段：第一阶段：发热伴或不伴有腰背痛或神经根痛;第二阶段：出现运动、感觉和括约肌功能障碍;第三阶段：包括受损节段以下的肢体瘫痪和完全性感觉消失。症状持续时间1天～1年，但大多数病例的发展是在2～8周之间。硬脊膜下脓肿最多见于腰段，其次是胸段，再其次是颈段。
脊髓造影诊断硬脊膜下脓肿的准确率相当高，可是如果无梗阻则难以定位。然而，即使利用MRI，明确区分硬脊膜外和硬脊膜下脓肿也是非常困难的。若伴有椎体骨髓炎或椎间盘间隙的感染则提示是硬脊膜外脓肿。