(一)一般疗法 按呼吸道隔离，保持空气新鲜，避免一切可诱发痉咳的因素。良好护理以预防并发症。注意营养。
(二)抗生素治疗 应用于卡他期或痉咳期早期，可降低传染性，减轻症状并缩短病程。
1.红霉素每日40～50mg/kg，最大剂量2g/日，分3～4次口服，连服7～14天。也可加用TMP每日6mg/kg分二次口服，疗程为7天。
2.氨苄西林每日100～150mg/kg，肌注，疗程为7～10天。有谓需大剂量1～2g/次，每日肌注二次，连用7天，可能有效。
3.卡那霉素、复方SMZ及异烟肼亦可使用，疗程各7～10天。
(三)对症治疗 祛痰止咳剂如氯化铵等。沙丁胺醇(舒喘灵，albuterol)0.5mg/kg能减轻咳嗽症状。氯丙嗪等可减少夜间咳嗽，有利睡眠。幼婴窒息时应即刻行人工呼吸，给氧，必要时给予止痉排痰。可用普鲁卡因静脉滴注，每日1～2次，连用3～5天，以减少窒息或惊厥，需同时注意心率和血压。百日咳脑病时可用脱水剂。有低钙、低血糖等时，予以对症治疗。
(四)并发症的治疗 按并发病种，给予相应治疗。
(五)皮质激素 只短期应用于危重患者，如幼婴或有脑病者。强的松龙15～20mg/日，口服。或氢化可的松静脉给药。注意激素的副作用。