1.眼眶黏液囊肿诊断鉴别
除典型的临床表现，黏液囊肿的诊断主要依靠影像学检查和穿刺抽出黏液，同时结合影像学尤其是CT扫描检查的表现更可确定诊断。
主要和鼻窦恶性肿瘤鉴别，后者病变呈实体性，进展较快，超声显示病变呈实性不均匀回声，衰减明显，CT和MRI显示病变有明显骨破坏。
2.眼眶皮样囊肿诊断鉴别
根据典型临床表现，眶缘的浅表的皮样囊肿可以做出诊断，而眶深部的囊肿可以根据典型的影像学检查而做出诊断，皮样或表皮样囊肿主要发生于中青年，儿童也可发生，临床表现为渐进性单侧眼球突出，病变主要位于眼眶外上方或外侧，CT显示病变内有负值区和骨吸收或破坏;但有部分囊肿内容物为均质高密度，并无负值区时诊断较困难。
由于皮样囊肿主要发生于眼眶外上方，所以泪腺区的肿瘤都是鉴别诊断中应该考虑的，CT在鉴别诊断中很重要，尤其是出现骨质的病变。