传染性软疣病的组织病理学特征是表皮明显增生，表皮突向下延伸并被结缔组织包裹形成梨状囊体，在棘层细胞胞浆内有称为软疣小体的病毒包涵体。
尖锐湿疣实验室检查
1.醋白试验：用5%醋酸液涂抹皮损处，3―5分钟后变白色。(十分实用而简便的办法)
2.碘黄试验：用鲁戈氏液涂后3分钟，发黄者可以确诊为尖锐湿疣。
3.皮损活检：发现有HPV感染的特征性凹空细胞的组织病理变化特点。(较可靠的办法)
4.必要时在皮损活检中用抗原或核酸检测显示有HPV感染。常见的是HPPV6、11型。目前多应用快速敏感及特异性很高的聚合酶链式反应，阳性率可达80%左右。当真性和假性尖锐湿疣鉴别困难时，可用HPV-DNA原位分子杂交进行鉴别，此法是目前一种敏感性和特异性很高的鉴别手段，阳性率可高达90%以上。
