正常人常暴露于新生隐球菌的环境中，但发病者极少，人体对隐球菌的免疫包括细胞免疫与体液免疫。巨噬细胞、中性粒细胞、淋巴细胞、自然杀伤细胞起着重要作用。体液免疫包括：抗荚膜多糖抗体以及补体参与调理吞噬作用，协助吞噬细胞吞噬隐球菌。只有当机体抵抗力降低时，病原菌才易于侵入人体而致病。