1.中枢神经系统隐球菌病 新型隐球菌易侵袭中枢神经系统，原因不清，可能与脑脊液中存在天门冬素及肌酐有助于菌生长有关。也易引起亚急性或慢性脑膜炎及脑膜脑炎。1978年Forar统计220例隐球菌感染病例中，仅有19例无中枢神经受累，因此隐球菌脑膜炎是真菌所致胸膜炎中最常见的类型。其临床表现颇似结核性脑膜炎，但有时隐球菌性肉芽肿局限于脑和脊髓的某个部位，则与脑瘤或脑脓肿等相似。

一般起病缓慢，开始症状多为轻度阵发性头痛，以后则逐渐加重，但仍可自然缓解，经常反复;多伴有恶心、呕吐、晕眩及不同程度的发热，数周或数月后可出现颅内压增高症状，如颈项强直，脑膜刺激征阳性及各种眼部征象(有视力模糊、眩晕、复视、畏光、眼球麻痹、震颤、弱视等)。常伴有眼底水肿及视网膜渗出性改变。

脑脊液检查与结核性脑膜炎不易区分，外观微浊，白细胞总数约在0.05～0.5/L之间，主要为淋巴细胞，隐球菌往往混杂其中，如不经墨汁染色则可误认为淋巴细胞、单核细胞等。糖与氯化物均降低，蛋白常在2g/L以上，与本病炎症表现不相平行，取脑脊液离心沉渣，作墨汁染色后在显微镜下见隐球菌呈圆形孢子，直径5～20μm，内有反光颗粒，外围有一厚膜，有时可见出芽孢子，但无菌丝。脑脊液培养亦有助于诊断。

如不治疗，多在三个月至半年左右趋于恶化，出现一系列运动障碍如偏瘫、失语、共济失调等;精神错乱以至抽风昏迷，最后多因呼吸衰竭死亡。严重暴发病例可在数周内死亡。偶见有两年以上仍反复发作而迁延不愈者。新生儿则病程较短，预后恶劣。

2.肺隐球菌病 常并发于中枢神经系统隐球菌病，亦可单独发生，或继发于肺结核，支气管扩张、慢性支气管炎等。其病变系在支气管周围发生弥漫浸润，或粟粒状分布或孤立的损害，原发者常由于无明显临床表现而被忽视。近年来胸科手术及尸检中偶可发现肺部有很小的肉芽肿，经病理检查证实为隐球菌感染，但临床上并未出现症状，故认为肺部隐球菌性肉芽肿可以是原发灶，以后再蔓延到中枢神经系统等处。肺部单独发病且出现症状者较少见，一旦出现症状，则与肺结核不易区分，如低热、咳嗽、粘液性痰、胸痛、胸闷、倦怠、体重减轻等，但多趋于自愈，严重者罕见。少数患者可呈急性肺炎表现，胸部摄片示肺下野有单个(较多见)或多个结节，周围无显著炎症浸润，呈孤立的大圆形阴影，易误诊为结核瘤或肿瘤，有时可有空洞形成。对肺隐球菌病的早期诊断，应予以足够的重视。

3.皮肤粘膜隐球菌病 皮肤粘膜隐球菌病很少单独发生，常为全身性隐球菌病的局部表现，可能由脑膜、肺部和其他病灶播散所致，主要表现为面部座疮样皮疹、硬结或随病变扩大而中心坏死，形成溃疡。间或也有发生于硬腭、软腭、舌、齿龈、咽部、鼻腔等粘膜上。自觉症状并不严重，病程漫长。

4.骨隐球菌病 好侵犯颅骨及脊柱，但关节常不被波及。骨损害呈慢性多发的散在破坏性病变，无骨膜增生，但可有肿胀及疼痛。X线无特殊表现。

5.内脏隐球菌病 系由播散引起。心、睾丸、前列腺、眼部等常可波及，但不波及肾、肝、脾、淋巴结等部位。胃肠道及泌尿生殖系统的感染与结核相似。有时通过蜘蛛膜下腔可直接侵及眼或通过血行播散而入眼色素层、视网膜、晶状体等。个别情况下可侵犯心脏，引起心内膜炎。