遗传因素
研究发现多种与遗传相关的疾病和综合征常伴随有牙髓病理性矿化。一些学者报道髓腔广泛矿化以及牙根膨大的岁患者，其子女及兄弟也具有相同症状。另有学者报道末端粘合症患者除了表现指(趾)关节、颧弓、全身骨骼发育畸形外，口腔病损表现为髓石的形成，此病可遗传给子代。
生理因素
Ninomiya 等将髓石脱矿后制成不同的切片，并用"型胶原蛋白以及非胶原蛋白，即骨桥蛋白、骨连接蛋白、骨钙素的特异抗体进行免疫组化染色。研究发现"型胶原蛋白均匀分布于髓石，提示它是髓石中一种主要的基质成分;骨桥蛋白位于髓石的周围，呈现强染色;未检测到骨连接蛋白和骨钙素的存在。由于骨桥蛋白在许多病理性矿化组织中普遍存在，因此认为牙髓细胞产生的骨桥蛋白和髓石基质的矿化密切相关。
物理因素
一些学者认为牙髓病理性矿化可能与慢性磨损、外力撞击、正畸矫治力等物理因素有关。研究使用片段弓矫治器和橡皮圈牵引牙齿萌出的过程对牙髓的影响，结果表明在矫治期内未出现牙髓炎以及修复性牙本质形成;但少量病例有广泛的髓石形成(17.5%)，以及出现成牙本质细胞吸入牙本质小管现象(22.5%)。
化学因素
对比出生后持续应用氟化物防龋儿童与未应用氟化物防龋儿童无龋磨牙的牙髓状况，发现应用氟化物防龋组儿童的磨牙髓腔中有纤维牙本质样矿化组织形成，并髓室底部沿着牙本质壁向髓腔发展，取代退化的牙髓组织;并且有根分歧与牙槽骨发生粘连。
感染因素
纳米细菌是在人与牛的血清中发现并命名的新菌种，纳米细菌独特的生物学特性以及它在肾结石、胆结石、牙髓结石，牙周结石等病理性矿化疾病中的高检出率，显示纳米细菌与病理性矿化作用关系密切。通过乙酸双氧铀染色，发现在纳米细菌的菌体周围有一层粘蛋白基质，认为磷灰石晶体的生长可能是通过菌体表面的这层粘蛋白介导的矿化作用。纳米细菌感染成纤维细胞后，能诱导细胞内外产生针状矿化晶体，形成钙化球，其结构与许多病理性钙化组织中的钙化物结构相似。
