胰腺囊肿的临床表现与囊肿的类型、大小、部位以及原发病所处的阶段有关。有些囊肿体积较小，可无任何症状。而较大的囊肿则可产生较明显的症状。
1.囊肿引起的症状
上腹部的饱胀不适、疼痛是胰腺囊肿的重要症状之一，常可放射到左肩部及腰背部，多为持续性钝痛、胀痛，也可发生阵发性的绞痛。若囊肿发生囊内出血或感染，也可引起疼痛。合并胆石症时可产生阵发性剧痛。
2.压迫周围器官的症状
如囊肿位于胰头部，可压迫胆总管下端引起梗阻性黄疸;压迫十二指肠或胃窦部可引起完全性或不完全性幽门梗阻;压迫下腔静脉可引起下肢水肿或浅静脉曲张;压迫肾或输尿管可引起尿路梗阻和肾盂积水;压迫门静脉系统可引起腹水或门脉高压。
3.消耗性症状
囊肿引起的胃肠道功能紊乱以及病人进食后因疼痛加重而产生的畏食心理等因素，都可引起明显消瘦、体重减轻。此外，胰腺外分泌功能不足可造成脂肪消化功能障碍，出现脂肪泻。
4.囊肿并发症
囊肿继发感染时可出现畏寒发热、甚至发生败血症;如囊内急性出血，可表现为囊肿迅速增大和休克症状;如囊肿破裂可出现急性腹膜炎症状。
5.体格检查
上腹部包块是胰腺囊肿最主要的阳性体征。多数病人可在腹部触及包块。一般位于上腹中线或略偏左，大小不一，圆形或椭圆形，表面光滑，呈囊性感，有张力，有的边界较清，有不同程度的压痛，不随呼吸运动。
此外，慢性囊肿的病人往往比较消瘦。如囊肿压迫胆总管下端，可出现有不同程度的黄疸。