婴幼儿的上颌骨血运丰富，血管分支细，血流缓慢，细菌易于停留。化脓菌特别是金黄色葡萄球菌经脐带感染(败血症)、粘膜创伤 (人工喂养奶嘴创伤、拔除“马牙”、清洗口腔等)及皮肤疖肿等侵入上颌骨骨髓腔内滋生繁殖，当机体抵抗力下降时则引起化脓性炎症。
婴幼儿上颌骨骨髓炎多发生在出生后3个月以内，尤其以新生儿多见。其感染主要有以下途径：
(1)血行性感染：新生儿上颌骨皮质薄，骨髓丰富，血液循环旺盛，身体任何部位的感染，如脐带或皮肤感染，母体产道、破损之乳头或医源性感染等，细菌都可以经血液循环引起上颌骨感染。
(2)局部感染：新生儿上颌骨发育尚未完全，外形扁而宽，内有两列牙胚，分娩时损伤牙槽粘膜，产道细菌可以经损伤处进入上颌骨引起感染。另外，在用小匙、奶瓶喂养时，损伤口腔粘膜或牙胚；或患乳腺炎的母亲继续哺乳，感染均可直接扩散至上颌骨而形成骨髓炎。
(3)鼻源性感染：婴幼儿上颌窦小，窦口相对宽大，因上呼吸道感染或其它传染病引起的急性鼻炎或鼻窦炎可以扩散到上颌骨，导致上颌骨骨髓炎。
引起上颌骨骨髓炎的致病菌以金黄色葡萄球菌最为多见，也可以是链球菌、白色葡萄球菌和大肠杆菌感染。