婴幼儿上颌骨骨髓炎大多起病急、病情重、发展快及合并症多，所以要及时治疗，最大限度地避免合并症，并及时清除致病因素，预防感染。其治疗可从以下几方面着手：
(1)抗感染疗法：全身及时、适当、足量地使用抗生素。因本病多属金黄色葡萄球菌感染所致，故应采取敏感的抗生素治疗，目前大多首选先锋霉素类药物，也可在获得细菌培养及抗菌素敏感试验的结果前予以其他广谱抗菌素，如红霉素、四环素、金霉素等。待药敏试验结果出来后再选用敏感抗生素。为了防止复发，抗生素的用药时间应长一些，一般在临床症状完全消退后再继续用药一周。
(2)支持疗法：加强营养，酌情输血、补液，以维持水及电解质平衡，保证有足够的热量，并补充多种维生素。中毒症状严重者，可加用类固醇激素。
(3)局部疗法：对有鼻塞的患儿，可用0.5%～1%的麻黄素生理盐水滴鼻；局部可用热敷及理疗；保持鼻腔及口腔卫生。若局部有红肿波动，即脓肿形成，则应切开引流，但不要搔刮，以免过多地损伤骨质或牙胚，切开后应用稀释的敏感抗生素溶液做局部灌洗，每日1～2次。脓肿位于面部者，为了避免颜面部瘢痕，应以穿刺抽脓为主，可每日1次，直至无脓。若有死骨及瘘管形成者，可摘除死骨，术中应尽量保存牙胚，不宜使用尖锐刮匙。
(4)如果因上颌骨骨髓炎而导致牙齿排列不齐或面部畸形，可待年龄稍大时请口腔医生矫治。