1.食管狭窄 长期反复的胃食管反流可引起食管炎，食管镜检查可见黏膜充血、水肿、糜烂、溃疡、纤维组织增生，进而瘢痕形成，导致食管狭窄甚至短缩。有报道8%～20%的反流性食管炎将发展成为食管狭窄，临床表现为吞咽困难，饮食质地改变，如进固体食物发噎，喜进软食或流食，严重者进食速度稍快，即可发生呕吐。
2.出血和穿孔 反流性食管炎由于黏膜充血糜烂，可发生少量出血，长期可引起小儿不同程度的缺铁性贫血。少数严重病例由于食管溃疡可发生较大量出血，甚至穿孔。
3.Barrett食管 为慢性胃食管反流的严重合并症。正常情况下食管下端鳞状上皮与贲门黏膜柱状上皮犬牙交错地移行，形成齿状线(Z线)，作为慢性反流性食管炎的后果，食管下段出现柱状上皮区，而正常的鳞状上皮区被破坏，由再生性更强的邻接区或腺导管柱状上皮所取代，即形成Barrett上皮。化生的上皮有胃、小肠和结肠的上皮，组织学上类似于黏液细胞、杯状细胞和绒毛结构。临床表现为典型的反流症状，在成人Barrett食管合并食管腺癌比一般人群高30～50倍。