GVHD是一种免疫反应性异常的全身性疾病，临床表现较为复杂，主要受累器官是皮肤、消化道和肝脏。aGVHD皮肤损害最早出现的症状有红斑、丘疹、水疱，甚至皮肤剥脱，严重者皮损可在数天内扩展至全身。cGVHD皮损的突出表现是色素沉着、脱屑增厚或角化不良、苔藓样皮疹等，晚期出现皮肤硬化或关节挛缩。肝脏亦是GVHD的靶器官，aGVHD较多见，轻者无临床症状，重者肝区不适、脾大、黄疸等。肝功能异常是GVHD的重要表现，ALT、AKP、胆红素等均有不同程度增高。口腔黏膜可发生溃疡或片状剥脱，晚期可发生口腔干燥，当BMT后外周血象恢复时出现与大剂量射线照射和CTX预处理无关的恶心、呕吐、腹泻等症状时是GVHD胃肠黏膜损害的表现。aGVHD小肠黏膜损害突出，无论aGVHD或cGVHD均可出现食管损伤。食管GVHD发生率高于胃，低于小肠，通常上中段病变较下段多见和严重。
正常人食管上皮是由复层扁平上皮构成，故aGVHD病变与皮肤相近似，有变性坏死乃至溃疡。溃疡多是局灶性，少数严重者是大片状甚至累及全食管。BMT后不论食管GVHD发生与否，其黏膜表面均常见细菌、真菌(尤其是念珠菌、酵母菌，也可有毛霉菌)和病毒感染，需要指出的是cGVHD发生时食管常被广泛累及并引起严重症状，尤其是真菌感染性假膜更多见。
最常见的症状是由于吞咽困难热量摄入不足引起的体重下降，部分病人出现吞咽时的剧痛和难以忍受的胸痛，产生上述症状的原因包括食管上段发生广泛性上皮脱落性食管炎、食管上段形成的蛛网状增厚及相互粘连而引起食管狭窄、食管蠕动异常、涎腺受累口腔干燥、酸清除变得很差以及反流所致。当然此时期过频应用诊断性X线检查也加重上述损伤。食管气钡双重造影可显示上述病变，但内镜检查常有困难，不能显示广泛剥脱。组织病理学检查可见上皮脱落性食管炎中有数量较多的淋巴细胞及少量浆细胞、中性粒细胞及嗜酸性细胞浸润于食管壁。在非炎症性的食管黏液中混杂有坏死脱落的复层鳞状上皮细胞，但食管壁组织中通常查不到病原体。黏膜下层常有纤维组织增生及纤维化形成，食管壁肌层细胞和神经节细胞仅发生轻微的营养不良性改变。上皮脱落性食管炎确切机制尚不清楚，有学者认为可能与细胞和体液免疫功能障碍有关。