病因不明。炎症肠病性关节炎的发病率近年呈上升趋势，尤其在城市中经济生活条件较好的群体，迄今尚未明确本病的特异性致病因素，环境因素、饮食因素、吸烟、口服避孕药、免疫因素、遗传因素等可能是本病的诱发或继发因素。
现研究认为与以下因素有关：
(一)遗传
研究显示炎症肠病性关节炎具有高度遗传倾向，遗传因素在发病过程中起主导作用。涉及的遗传因素包括HLA-B27基因和HLA-B27以外的相关基因。而以 HLA-B27基因与疾病的相关性最为显著。遗传易感性导致抗原递呈异常、自我识别异常、产生针对结肠和结肠外组织的自身抗体等，最终使肠道通透性增加，分泌许多炎症因子，导致肠道和滑膜炎症。研究显示，在炎症肠病性关节炎患者中，HLA-B27基因出现频率显著高于不伴有骨关节病变的患者，与炎症性肠病伴骨关节病变具有相关性，提示HLA-B27是炎症性肠病伴骨关节病变的遗传易感基因，迄今证实与炎症肠病性关节炎相关的基因位点包括：HLA-B27、肿瘤坏死因子超家族15 (Tumor necrosis factor superfamily 15，TNFSFl5)、自噬体基因ATGl6Ll(2q37)和IL-23等。
(二)感染
传统观点认为，HLA-B27的存在限制了CD8T淋巴细胞的功能，胃肠道的炎症使致病菌激活淋巴细胞，产生针对关节软骨的抗体，导致关节破坏。有研究证实，CD163作为先天免疫传感器诱导关节炎症和炎症性肠病的产生。在血清阴性脊柱关节炎患者中存在炎细胞从肠道到滑膜迁徙的增加，即使无肠道炎症的患者也存在黏膜血管的增生和白细胞黏附分子的增多。这同样证明感染诱发炎性肠病关节炎的可能。
(三)免疫因素
炎症肠病性关节炎发病时，关节滑膜会出现微小血管增生，大量免疫细胞浸润，包括CD4及CD8淋巴细胞和巨噬细胞等细胞，近些年随着对CD4细胞诱导分化的 Th17细胞和调节性T细胞(regulatory T cells，Treg)的深入研究，发现它们所介导的免疫反应是炎症肠病性关节炎重要的发病机制。