主要表现为外周关节炎和中轴关节病变，不明原因的肠道非感染性炎症，并可伴发关节外或肠道外其他全身症状如皮肤粘膜病变及炎症性眼病等表现。
(一)关节表现
1. 外周关节病变：多于炎性肠病后出现，有的患者关节病变先于肠道病变几年出现。表现为少数非对称性、一过性、游走性周围关节炎，以膝、踝和足等下肢大关节受累为主，其次是肘、腕或指关节等。任何外周关节均可受累。关节炎严重程度与肠道病变严重程度相关，并伴炎性肠病治疗而消退。多数不遗留关节畸形，偶有小关节和髋关节破坏。可见大关节积液、腊肠指(趾)、肌腱末端病、跟腱和跖底筋膜炎。克罗恩病关节炎可出现杵状指和骨膜炎[4]。
2. 中轴关节受累：约4%～7%炎性肠病患者在肠道病变前出现明显的脊柱炎或骶髂关节炎，与肠道病变程度不一定关联。临床表现为腰背部、胸、颈或臀部疼痛，腰和颈部运动受限，扩胸度降低。炎性肠病性伴发的脊柱炎在症状、体征及X线片表现上难与特发性强直性脊柱炎鉴别。
(二)消化系统表现
患者病程持续时间一般为4~ 6 周以上。
1. 腹痛：约80%～90%患者有腹痛，早期与轻型者有腹部不适与胀痛，可由粗糙食物诱发，伴肠鸣音增多。肠腔狭窄引起不全肠梗阻时，有肠绞痛、肠胀气与肠型。病变累及幽门、十二指肠及胃部者，腹痛酷似消化性溃疡。回结肠炎的腹痛可经排便和排气获得缓解。后期有腹腔内脓肿与瘘管形成，腹痛呈持续性，多局限在右下腹或病变所在处，伴明显压痛。
2.腹泻：85%～90%的患者可有腹泻，开始为糊样便，2～3次/日，可自行缓解。每因饮食不当而诱发。重症或晚期加重，便次增多，可见少量黏液，伴腹部阵痛，顽固难愈。病变累及结肠者出现黏液便或脓血便，肛门直肠受累者常有里急后重。小肠病变广泛者因吸收不良而有泡沫状恶臭的脂肪泻。
3.腹部包块：约1/3的患者可扪及肿块，多位于左下腹，可在脐周和下腹，有时经直肠、阴道检查时发现。腹块由增厚的肠襻、腹腔内粘连、肿大的淋巴结与瘘管、脓肿等引起，肿块质地中等、较固定，伴压痛。
(三)粘膜表现
1. 口腔黏膜病变：克罗恩病常伴牙质、口腔及胃黏膜损害。口腔黏膜损害表现为颊部黏膜及舌侧表面和口腔底部有肿胀、结节、疼痛感及溃疡，特点为分布在黏膜皱褶间凹陷处，呈线形或阿弗他样溃疡，边缘增厚，稍隆起，表面覆盖白色纤维薄膜，典型的溃疡称为“鹅口疮”样溃疡。溃疡和增生互相交替，形成“铺路石”样改变。口腔病变是诊断克罗恩病的重要临床依据。
2.皮肤粘膜表现：克罗恩病最常见的皮肤病变为结节性红斑，表现为疼痛、红斑样或紫色结节，最常见于腿部，病变呈多发性，可发生于四肢。坏疽性脓皮病较严重，可出现坏死性溃疡，有时病程与肠道炎症不相一致。典型病变发生于下肢，但也可见于身体任何部位，偶见于手术切口。溃疡性结肠炎则表现为不常见的较严重坏疽性脓皮病。黏膜表现以深在性口腔溃疡多见。
(四)眼部表现
患者可伴前色素膜炎，多为单侧及一过性，易复发。
(五)其他表现
发热、贫血、营养不良及血管炎(可表现为网状青斑、血栓性静脉炎和小腿溃疡)等均可出现。