治疗原则是积极治疗原发病，控制发作，维持缓解，减少复发，防治并发症。在疾病控制发作之后，均应长期维持治疗，一般以水杨酸类药为主维持治疗，部分患者使用免疫抑制药。维持时间应不少于3～5年，甚至终生维持，其间部分病例可酌情隔日或间隙给药以减少用药量和药物副作用[5]。
(一)药物治疗
1. 非甾类抗炎药：这一类药物可迅速减轻关节肿胀和疼痛及增加活动范围，非甾类抗炎药种类繁多，但对炎症肠病性关节炎的疗效大致相当。可选用的药物有：吲哚美辛栓剂50 mg或100 mg，塞入肛门内，每日1～2次;阿西美辛90 mg，每日1次;双氯芬酸钠通常每日总剂量为75~150mg; 塞来昔布200 mg，每日2次;洛索洛芬钠60mg 每日3次;美洛昔康15 mg，每日1次等。但此类药物的不良反应中最常见的是胃肠不适，少数可引起溃疡，而栓剂是通过直肠吸收，可以减少胃肠副作用，塞来昔布对胃肠的副作用亦较小;抗炎药物常需用2个月左右，待症状完全控制后减少剂量，以最小有效量巩固一段时间，再考虑停药，过快停药易引起症状反复，如一种药物治疗2~4周疗效不明显，应改用其他不同类别的抗炎药，在用药过程中应始终注意监测药物不良反应并及时调整。
2.免疫抑制剂：该类药物较非甾类抗炎发挥作用慢，大约需1～6个月。
(1)柳氮磺吡啶：为治疗轻中度炎症肠病性关节炎的主药，也是维持缓解最为有效的一类药物。该药可改善炎症肠病性关节炎的关节疼痛、肿胀和发僵，通常推荐用量为每日2.0g，分2~3次口服。本品起效较慢，通常在用药后4~6周。为了增加患者耐受性，一般以0.25g，每日3次开始，以后每周递增0.25g，直至1.0g，每日2次，或根据病情，或患者对治疗的反应调整剂量和疗程，维持1~3年。为了弥补柳氮磺吡啶起效较慢及抗炎作用欠强的缺点，通常选用一种起效快的非甾类抗炎药与其并用。
(2)甲氨蝶呤：活动性炎症肠病性关节炎患者经柳氮磺吡啶和非甾类抗炎药治疗无效时，可采用甲氨蝶呤。本品对外周关节炎、腰背痛、发僵及虹膜炎及肠道等表现有效，而对中轴关节的放射线病变无改善证据。通常以甲氨蝶呤7.5~15mg(个别重症者可酌情增加剂量)口服或注射，每周1次，疗程0.5~3年不等。同时，可并用1种非甾类抗炎药。尽管小剂量甲氨蝶呤有不良反应较少的优点，但其不良反应仍是治疗中必须注意的问题。这些包括胃肠不适、肝损伤、肺间质炎症和纤维化，血细胞减少、脱发、头痛及头晕等，故在用药前后应定期复查血常规、肝功能及其他有关项目。
(3)对于炎性肠病活动明显者还可采用硫唑嘌呤(Azothioprine，Am)：一般硫唑嘌呤1.5mg/(kg·d)，分2～3次口服，疗程一年，由于一般用药3~6月才显效，限制了其应用范围，主要用于重症顽固病例和维持缓解困难者。环孢霉素A静脉滴注用于激素治疗无效的重症、暴发型病例，约80%可收到及时缓解效果、约50%可避免外科手术。但毒性作用大，肾脏毒性最为明显。需密切监测血药浓度以策安全。
3.糖皮质激素：口服或关节腔局部应用可减轻外周关节的滑膜炎，但对骶髂关节炎和脊柱炎无效。是治疗炎症肠病性关节炎原发病的主药，泼尼松40～60mg/d，分2～3次口服。病情缓解后，逐渐递减至10～15mg/d，可维持月余或数月。适用于暴发型或重型患者，控制、减轻毒血症。间苯磺酸强的松龙(prednisolone metasulphobenzoate)及丁地去炎松(布地奈德，budesonide)在欧洲早已投放市场。后者与激素受体结合能力较泼尼松龙强15 倍，抗炎作用强，口服后90%首经肝脏迅速而完全代谢，因此全身性作用极小，其pH控释制剂口服可以达到有的放矢治疗末回及近段结肠病变的目的。结肠给药局部活性较全身为高，特别适用于溃疡性结肠炎。
4.抗生素：在克罗恩病处理中占有重要的地位，甲硝唑和喹诺酮的作用与5-氨基水杨酸相当。
5. 生物制剂：为炎症肠病性关节炎的治疗开辟了一条新途径，迄今为止，针对TNF-α的生物学制剂已被证明是治疗炎症肠病性关节炎中最有效的药物。自1998 年英夫利昔(infliximab，IFX)面世后，许多新的以肿瘤坏死因子-α(TNF-α)为靶向的改良制剂及其他新的靶向制剂不断问世，带给炎症肠病性关节炎患者更多崭新而有效的治疗选择。目前临床上有3种抗TNF-α单抗治疗炎性肠病，包括英夫利昔(infliximab，IFX)、阿达木单抗 (adalimumab，或Humira)和赛妥珠单抗(certolizumab，或CDP-870)。上述三种抗TNF-α生物制剂均有起效快(几小时到24小时)和疗效好的特点。大多数患者的病情可迅速获得显著改善，包括重度或激素及免疫抑制剂无效或不能耐受的溃疡性结肠炎患者。除上述3种单抗外，还有CDP571(humicade)、奥那西普(onercept)、依那西普(etanercept)、MAPK抑制剂CNI-1493，均取得一定的临床疗效。
(二)局部灌肠治疗
主要适合病变局限于直肠、乙状结肠的病例。灌肠液主要由普鲁卡因、甲硝唑、地塞米松等组成。可先以每日3mg灌肠1周，再以6mg剂量灌肠3周。柳氮磺吡啶、5-氨基水杨酸均有栓剂，对溃疡性结肠炎有一定疗效。
(三)手术治疗
紧急手术指征：大出血、肠穿孔、重型患者特别是合并中毒性结肠扩张经积极内科治疗无效且伴严重毒血症者。择期手术指征包括并发癌变、腹腔内脓肿、瘘管形成，顽固性全结肠炎内科治疗效果不理想且严重影响生活质量，或虽然激素可控制病情但副作用太大不能耐受者。