1.异物损伤
最为常见的病因是直肠内异物损伤。未消化的骨片、木片或其他带有锐利角的各种异物可直接损伤直肠黏膜而发生直肠炎。此外，严重便秘时的坚硬粪块，可引起直肠炎甚或溃疡。
2.中毒与感染
重金属(汞、砷等)中毒或者发生以胃肠道损伤为主要特征的传染病时，常常并发直肠炎。
3.局部炎症刺激
长期局部炎症刺激如慢性细菌感染(慢性痢疾)、阿米巴痢疾、慢性非特异性溃疡性结肠炎等。
4.性病所致
不洁性交，使肛门部患了尖锐湿疣或乳头状纤维瘤，长期摩擦刺激，可引起直肠炎变。
5.免疫功能异常
人体免疫功能调节异常可引发慢性非特异性溃疡性结肠炎、克罗恩病等。
6.痔疮、肛瘘、肛裂、化脓性汗腺炎、毛囊炎等长期刺激肛门皮肤，也可累及直肠下段引起炎变。
7.血吸虫感染
直肠黏膜长期受沉积虫卵刺激，产生坏死、脱落，从而导致炎变。
8.其他感染
如梅毒(性传播疾病)、病毒(单纯性疱疹或巨细胞病毒)及衣原体感染;抗生素相关性直肠炎症等。
9.放射性照射
由于局部放射性治疗(前列腺癌、宫颈癌)可引致直肠炎症。