(一)治疗
由于重叠综合征的本质尚不清楚，其治疗方法也有待研究。以SLE、RA或PSS为中心病的重叠综合征，其免疫异常显著，临床症状明显，常呈现坏死性血管炎的病理特点，一般均采用大剂量激素治疗，也有合并应用免疫抑制剂者。对于RA相关重叠综合征出现严重的关节畸形，可行适当的手术矫形，以助病变关节恢复功能。此外，还要强调对症治疗，如用洋地黄(毛地黄)纠正心力衰竭等。对与胶原病近缘性疾病重叠的患者，则应遵循相重叠的两个原发病的治疗原则，既针对疾病本质进行免疫抑制治疗，也应注意对病变器官的对症处理。对各型重叠综合征病人进行生活指导，如防止受寒，避免感染和疲劳等，均很重要。
(二)预后
与重叠的病种间密切相关。临床所见重叠结缔组织病中最多的几种如SLE、硬皮病、多发性肌炎和皮肌炎之间的重叠综合征，其预后均较单一病种者为差。如SLE与硬皮病的重叠综合征，其五年生存率仅约30%。而SLE、硬皮病、多发性肌炎和皮肌炎中之一种与其他结缔组织病或自身免疫病重叠者，其病情常视所累及的脏器而有不一，预后一般较上述重叠者为佳。重叠综合征患者的死因多与心功能衰竭和中枢神经系统病变相关，肾功能衰竭者少见。
