应与各种出疹性传染病、病毒感染、急性淋巴结炎、类风湿病以及其它结缔组织病、病毒性心肌炎、风湿炎心脏炎互相鉴别。

本症与猩红热不同之点为：①皮疹在发病后第3天才开始;②皮疹形态接近麻疹和多形红斑;③好发年龄是婴幼儿及较小儿童时期;④青霉素无疗效。

本症与幼年类风湿病不同之处为：①发热期较短，皮疹较短暂;②手足硬肿，显示常跖潮红;③类风湿因子阴性。

与渗出性多形红斑不同之点为：①眼、唇、无脓性分泌物及假膜形成;②皮疹不包括水疱和结痂。

与系统性红斑狼疮不同之处为：①皮疹在面部不显著;②白细胞总数及血小板一般升高;③抗核抗体阴性。④好发年龄是婴幼儿及男孩多见。

与婴儿型结节性多动脉类的症状有很多相似之处，但MCLS的发病率较多，病程产短，预后较好。这两种病的相互关系尚待研究。

与出疹性病毒感染的不同点为：①唇潮红、干裂、出血，呈杨梅舌;②手足硬肿，常跖潮红及后期出现指趾端膜状脱皮;③眼结膜无水肿或分泌物;④白细胞总数及粒细胞百分数均增高，伴核左移;⑥血沉及C反应蛋白均显著增高。

与急性淋巴结炎不同之点为：①颈淋巴结肿大及压痛较轻，局部皮肤及皮下组织无红肿;②无化脓病灶。

与病毒性心肌炎不同之处为：①冠状动脉病变突出;②特征性手足改变;③高热持续不退。

与风湿性心脏炎不同之处为：①冠状动脉病变突出;②无有意义的心脏杂音;③发病年龄以婴幼儿为主。

日本MCLS研究委员会(1984年)提出此病诊断标准应在下述六条主要临床症状中至少满足五条才能确定：①不明原因的发热，持续5天或更久;②双侧结膜充血;③口腔及咽部粘膜弥漫充血，唇发红及干裂，并呈杨梅舌;④发病初期手足硬肿和掌跖发红，以及恢复期指趾端出现膜状脱皮;⑤躯干部多形红斑，但无水疱及结痂;⑥颈淋巴结的非化脓性肿胀，其直径达1.5cm或更大。但如二维超声心动图或冠状动脉造影查出冠状动脉瘤或扩张，则四条主要症状阳性即可确诊。

近年报道不完全性或不典型病例增多，约为10%～20%。仅具有2～3条主要症状，但有典型的冠状动脉病变。多发生于婴儿。典型病例与不典型病例的冠状动脉瘤发生率相近。一旦疑为川崎病时，应尽早做超声心动图检查。