1.真菌性肠炎与常见腹泻病的鉴别 细菌性痢疾是最常见的肠道传染病之一，地丝菌肠炎不易与之鉴别。局限性肠炎和溃疡性结肠炎则容易与组织胞浆菌肠炎混淆。
(1)霍乱：大流行现已少见，多为局部暴发流行。患者有剧烈吐泻，吐泻物呈米泔水样或黄水样，无腹痛，不发热，常迅速出现严重脱水和微循环衰竭。吐泻物直接镜检可见大量呈鱼群样运动的弧菌。
(2)细菌性痢疾：终年均有发病，多见于夏秋季。主要病变是结肠的化脓性炎症。患者呕吐少，常有发热，腹泻伴腹痛、里急后重，左下腹压痛。大便混有脓血，镜检可见红细胞、脓细胞和巨噬细胞，培养有痢疾杆菌生长。
(3)阿米巴痢疾：以散发为主。患者常隐匿起病，腹泻轻重不一，毒血症少，腹痛与里急后重不明显，与真菌性肠炎颇为相似。但粪便与脓血不混合，典型者呈果酱样，腥臭，镜检以红细胞为主，可见吞噬红细胞的阿米巴滋养体和夏科-雷登结晶。乙状结肠镜检见肠黏膜散在溃疡，边缘整齐，充血隆起，溃疡间黏膜正常。溃疡涂片或活检可见滋养体。
(4)伤寒与副伤寒：副伤寒丙可呈胃肠炎型发作，但病程短，预后好，多在3～5天内恢复。伤寒与副伤寒甲、乙以高热、全身毒血症症状为主，可伴有腹痛，但腹泻少。血或骨髓培养有伤寒或副伤寒杆菌生长即可确诊。
(5)局限性肠炎：或称Crohn病，通常病史漫长，有明显发作与缓解交替出现的现象。X线钡餐显示病变以回肠末端为主，有边缘不全的线条状阴影，病变呈节段分布，间以扩张的肠曲，即所谓脱漏征。
(6)溃疡性结肠炎：临床表现为反复发作的腹泻、脓血便，可伴有发热。病变以乙状结肠、直肠最为严重，或累及整个结肠。肠镜检查可见肠黏膜充血、水肿及溃疡形成，黏膜松脆易出血。粪培养无致病菌生长。晚期病例X线钡餐显示结肠袋消失，肠管呈铅管样变化。
(7)难辨梭状芽孢杆菌性肠炎：两者均常出现于应用抗生素治疗之后，难辨梭状芽孢杆菌多引起假膜性肠炎，其特征是结肠黏膜深处坏死性炎症，出现渗出性斑或形成大片假膜。病原学检测可以鉴别。
(8)其他腹泻：过敏性腹泻有进食鱼虾或接触变应原史，既往有类似药物性腹泻有服用泻药史;酶缺乏性腹泻有遗传病家族史。通过详细询问病史，结合粪病原学检查，均不难鉴别。
值得注意的是，对于细菌性肠炎和病毒性肠炎，通常以粪标本中找到病原体为主要鉴别依据。而对于真菌性肠炎，即使粪培养有真菌生长，仍难以确诊，因为粪标本很容易被真菌污染，而且，有些真菌属于肠道正常菌群。
2.不同类型真菌性肠炎之间的鉴别 组织胞浆菌和副球孢子菌肠炎为地方性流行病，在我国少见，鉴别意义不大。其余几种真菌性肠炎的鉴别要点。