1.避免诱因 首先必须控制广谱抗生素的应用，避免通用，减少长期应用，确因病情需要难免长期应用者应间隔一定阶段加用抗真菌药物，以防肠道菌群失调导致条件致病性真菌过度生长。其他如对慢性病患者加强营养，提高机体抵抗力;慎用糖皮质激素和免疫抑制药;保护免疫功能低下患者口腔和肠道黏膜生理屏障的完整，减少创伤等均有助于防止真菌性肠炎的发生。
2.防止真菌污染，治疗原发病灶 恶性肿瘤和血液病病房应保持通风良好和干燥，防止真菌滋生，增加外源性感染的机会。对于艾滋病和其他免疫功能抑制患者，及时发现和治疗鹅口疮及其他部位的真菌感染，以免继发真菌性肠炎。对于行静脉营养的患者，以及接受血管导管检查和手术的患者，严格执行无菌操作，防止真菌性医院内感染。
3.药物预防 对于艾滋病患者、肠道手术和器官移植术患者等高危人群，可予短期足量或长期小剂量预防用药。
(1)血液病和恶性肿瘤患者：制霉菌素每天200万U口服，连用5～7天，可每月应用1次。
(2)艾滋病患者：氟康唑或伊曲康唑每天100～200mg口服，每月应用5～7天，或两性霉菌素B每周100mg口服加制霉菌素悬液漱口，3次/d，长期坚持。
(3)器官移植和肠道手术患者：制霉菌素50万U，3次/d，口服，或氟康唑每天200mg口服，于术前3天和术后7天连用。
(4)低体重新生儿或早产儿：氟康唑12.5mg/kg口服。连服4～8周，可预防新生儿念珠菌肠炎。
(5)预防复发：真菌性肠炎尤其是副球孢子菌肠炎治疗后容易复发，在艾滋病患者和其他伴有免疫功能低下的慢性病患者更是如此。预防可用两性霉素B 50mg，每周1次静脉滴注，或伊曲康唑200mg，1次/d，口服，用药期间每月常规查肝功能1～2次，注意药物的毒副作用。