多数病例表现为慢性无痛性关节炎。由于身体原有病变吸引着患者和家属的注意力，关节部位的不适，肿胀，活动范围减少，少量积液等症状常被忽略，有时直到关节内的骨和软骨出现不可逆损害时，才被注意到。
1.念珠菌是人体内的正常寄生菌，在机体抵抗力显著下降时，念珠菌才会由寄生菌转变成为侵害机体的致病菌。近年来念珠菌病患者有增加趋势。几乎每个病例都有明显的削弱人体正常防御机能的因素存在。但由于医疗水平的进步，经积极治疗后多数患者的病变可得到控制。念珠菌性关节炎主要发生于播散型念珠菌病患者。多见于膝关节，也有相当一部分患者为多关节受累。
2.孢子丝菌是土壤、木材、植物的腐生菌，广泛存在于自然界。孢子丝菌病是由申克孢子丝菌引起的一种慢性肉芽肿病。常见于农民、园林工人，因皮肤被树枝等刺伤，孢子丝菌经由皮肤伤口感染机体。主要病理变化是化脓性肉芽肿性反应。这种反应可见于皮肤结节，受累的淋巴结中。典型结节性损害中有特殊的三层排列，中央为化脓层，含有中性粒细胞，第二层绕以“结核样”层，其外为第三层，由淋巴细胞及浆细胞组成的“园细胞”层。
临床上将孢子丝菌病分为皮肤型和系统型两类。皮肤型表现为结节，毛囊性脓疱，斑块、疣状、肿瘤状损害及溃疡;或沿淋巴管向近侧作带状传播，呈典型带状分布，皮肤损害为蚕豆大小的肉芽肿、结节、脓肿和溃疡。系统型表现为肺和脑膜的感染。而最常见的是侵犯骨骼和关节。
孢子丝菌关节炎的受累关节以上下肢大关节较多，可以是单个或少数几个关节受累，也可以是多关节。同时可有内脏及皮肤受累。关节炎呈亚急性或慢性过程，也可有周围皮肤损害或窦道形成。
3.皮炎芽生菌广泛分布于自然界中，如土壤、木材中。本病发病过程常表现为急性发病，全身中毒症状明显，可有发热、局部化脓及形成窦道。关节炎与皮肤和肺部损害常同时存在，受累关节多见于膝关节和踝关节，发病过程大多是由于经血源性感染引起芽生菌骨髓炎，再由骨髓炎延及关节，引起关节炎。
4.球孢子菌病是一种地方病，致病菌为粗球孢子菌。球孢子菌的传染性极强，据报道，在美国南部和墨西哥的疫区，居住5年的居民有80%感染此菌，只是其中75%带菌者并无临床症状，称为无症状型。有症状者中，轻者类似感冒，重者可有发热、胸痛、咳嗽、无力。胸部X线摄片，在中下肺叶可见有2～3cm直径的结节，愈合后结节钙化。有0.1%～0.2%的带菌者，球孢子菌在体内发生播散，侵及脑、脑膜、消化道、肌肉，称为继发型。其中有20%侵及骨骼和关节。
受累关节多为单关节，好发于踝关节、膝关节以及腕、肘关节。组织病理显示化脓和肉芽肿相互交替出现。临床表现与其他肉芽肿性关节炎类同。主要表现为关节疼痛、肿胀。X线摄片除软组织肿胀外无明显改变;少数有关节间隙狭窄;半数有邻近关节骨骼骨髓炎。关节损坏过程缓慢，若不治疗，最终也可造成关节永久性损坏。
真菌性关节炎的诊断依赖于在滑膜和关节液中找到致病真菌。滑膜组织培养比关节液培养阳性率高。涂片和培养要避免污染，以免干扰判断。
1.念珠菌病X线摄片检查可见2/3患者邻近关节处有骨髓炎。滑膜液病原菌培养阳性可以确立诊断。
2.孢子丝菌病关节液或滑膜组织中培养出真菌即可确定诊断。组织学检查可见肉芽肿性滑膜炎，但很少直接见到雪茄形菌体。
3.芽生菌关节炎在临床上与结核性关节炎难以区别，需依靠病原菌的分离，才能确定诊断。