食用的粮食、食品常被真菌甚至真菌毒素污染，因此，必须加强粮食作物的防霉除毒措施，改良食品的保管条件和方法，改变吃霉变食物，包括腌菜、酸菜等习惯。提倡多吃新鲜疏菜。在各种预防措施中，最关键的是防霉与除毒，防霉尤为重要。
(一)防霉 粮食中真菌生长繁殖的有利条件主要是适宜的温度与水分。如能将粮食贮存于10℃以下，水分保持在10%以下，就能有效地防霉。
环氧乙烷防霉的效果较好，用100～200g/m2封闭数日后，可使米粒的霉菌减少90%以上，并可维持4个月之久。开封第5日即测不出残留药物量。环氧乙烷对人体有毒，故使用时应注意安全。
(二)除毒 黄曲霉在生长繁殖过程中可渗透至种子内部各层及胚部，毒素含量以中心层最高，故不能用清洗种子表面的办法来达到去毒的目的。以花生仁为例，可用手挑法，拣出霉、皱、变色的花生仁而达到去毒的目的。
黄曲霉毒素对热很稳定，一般烹、煮、烘、焙等方法仅能破坏少量毒素，紫外线照射也不能破坏食物中的毒素。物理方法中以高温处理破坏毒素较多，但仍不能完全破坏;如油炸或砂炒花生仁，温度达205℃以上时，黄曲霉毒素B1仅减少65%～69%。
化学除毒方法以氧化法和加碱法较为有效，氧化法中有加Cl2、ClO2、SO2、SO3、NO3或5%次氯酸钠(NaOCl)等。以5%NaOCl处理时，黄曲霉毒素于数秒钟内即被破坏，故是常用的消毒剂。加碱法有加NaOH、NH3、甲基氨等，市场供食用花生油，均经加碱处理而去毒。
也有应用生物学方法解毒的报道，如黄杆菌可将花生、玉米、奶油、饮料等食品中的黄曲霉毒素全部破坏，并经生物鉴定证实有效。生物学方法成本低，收效大，可能是一种有前途的除毒措施。
(三)防护 烧伤病室、真菌实验室，以及从事真菌毒素科研的人员，必须注意防护，如穿戴隔离衣帽，在进行真菌分离培养工作时，应戴口罩，并尽量防止孢子飞扬。操作台面如有漏溅，应立即用新配的5%次氯酸钠消毒。