主要采用糖皮质激素治疗。激素可缓解哮喘发作和曲菌对肺实质的浸润破坏。泼尼松每天一次口服，连服2周后改为隔天服用，并根据病情逐渐减量，持续3个月。随诊2年，每半年摄胸片复查一次。激素无效者，可采用硫唑嘌呤治疗。支气管扩张剂和化痰剂可促使痰栓或脓痰尽快排出。休息、增加营养和有规律的锻炼可增强对曲菌的抵抗力。抗真菌药物的使用也可以取得较好的疗效。两性霉素B静脉给药，该药副作用较多，需监测肝肾功能。氟康唑治疗也可取得较好的疗效。
对诊断不明的肺内结节患者，可进行开胸肺活检，病理诊断明确后可手术切除病灶。