对AITD相关肾病综合征的治疗目前尚缺乏统一认识。国外文献报道免疫抑制剂和甲状腺切除可能有效。但对本病更应强调对AITD本身的充分治疗。由于临床上在肾病综合征时大量蛋白尿可造成甲状腺结合球蛋白的丢失，常可加重甲减，故对此类病人的甲状腺替代治疗剂量通常需增加。清除甲状腺抗体及异常的甲状腺抗原是治疗的主要环节。
1.Graves病时由于治疗甲亢的药物嘧啶类及咪唑类具有轻度抑制Grayes病自身免疫反应，可降低血循环中甲状腺自身抗体，故可使蛋白尿减少。
2.免疫抑制剂的应用加类固醇激素与硫唑嘌呤(依木兰)，可使部分患者蛋白尿减少。
3.甲状腺切除对蛋白尿的作用不明确 但在首例Graves病合并肾病综合征患者，长期服用甲巯咪唑(他巴唑)疗效不佳，最后切除甲状腺并追踪11个月后蛋白尿明显减少，肾小球滤过率无改变。重要的是切除甲状腺的时机，其缓解几乎只限于Ⅰ～Ⅱ期膜性肾炎患者。
4.放射性碘治疗对蛋白尿的疗效亦不明确，甚至可使蛋白尿恶化。