附睾炎可以服用头孢类或是喹诺酮类抗生素来治疗，具体可明确其类型后选择敏感性的抗生素，以取得好疗效。
一、如果是细菌性附睾炎，可以口服头孢类抗生素。而如果是衣原体或支原体附睾炎，则可选择服用喹诺酮类或大环内酯类抗生素。对于滴虫性附睾炎，一般选择甲硝唑或替硝唑治疗。
二、如诊断为感染性附睾炎，建议最好是选用头孢或是喹诺酮类抗生素，然后再配合一些清热祛湿的中成药来治疗，以改善附睾肿痛症状。
三、对于不明原因或多种原因导致的急性附睾炎，可联合使用两种以上的抗生素口服治疗，以防拖延变成慢性附睾炎，导致更大影响。一般急性附睾炎需静脉输喹诺酮类抗生素治疗。
四、如果是慢性附睾炎，可口服左氧氟沙星或莫西沙星等药物治疗，还可服用磷霉素氨丁三醇散，其对大肠埃希菌、粪肠球菌及屎肠球菌都有明显效果，因此服用磷霉素氨丁三醇散可治疗附睾炎引起的炎性包块。
五、如果附睾炎导致睾丸疼痛症状明显的，可口服呋喃妥因肠溶片，其对附睾炎引起的局部炎症有明显的效果。