如果是一侧隐睾，只要及时治疗一般是不会影响阴茎长度的，但如果是双侧隐睾，很有可能会因为雄激素水平分泌不足而影响到阴茎的生长发育。因为睾丸的两大功能主要是分泌雄性激素和生精，如果隐睾导致了睾丸的功能受到损害，可出现阴茎短小的现象。
隐睾症不治疗是有可能影响到阴茎的长度的。因为睾丸是生成雄激素的主要器官，如果有隐睾现象，就有可能造成体内雄激素的异常，从而导致阴茎的发育受影响，同时还会影响到阴茎的勃起。
当然，如果隐睾患者能在早期进行治疗，一般不会对睾丸功能有影响，也不会影响到阴茎的发育。但如果患的是双侧隐睾，且治疗比较晚，导致睾丸出现萎缩的，那么在手术治疗后，睾酮的分泌也会减少，这样在一定程度上就会影响阴茎体的发育，出现阴茎短小现象，同时还有可能会影响到阴茎的勃起，从而影响性功能。
建议有隐睾症的患者应及早对症处理。可先抽血化验下雄激素水平，再进行b超检查，明确隐睾的位置，然后再根据睾丸情况进行治疗。