附睾炎有囊肿一般多是有附睾炎引起的的，因为附睾存在炎症可慢慢出现硬化，形成囊肿。因此针对附睾炎有囊肿应先治疗附睾炎，然后再根据囊肿的大小来处理，其中大的囊肿可手术切除。
一、附睾炎的治疗
1.对症治疗
附睾炎主要就是选择药物来治疗，一般常用喹诺酮类抗生素。如果处于急性期的，可选择抗菌素及一般镇痛剂治疗，如可口服诺氟沙星胶囊。如果附睾炎引起发热，睾丸疼痛下坠的，局部可进行热敷、理疗，并用阴囊托带托起阴囊。如有脓肿形成的，可切开引流。如果是慢性附睾炎，一般和慢性前列腺炎同时存在，所以，治疗措施一般和慢性前列腺炎相同。
2.中医中药治疗
附睾炎也可选择中药来治疗，如属慢性附睾炎的，可服用大补阴丸治疗，有滋阴清热，活血祛瘀，理气止痛的作用。另外还有加味枝橘汤也可治疗附睾炎，药方组成主要有柴胡、赤芍、川楝子、胆草、荔枝核、广橘核、泽泻、茵陈、秦艽、车前子、生甘草，煎服，有疏肝理气，化湿清热的作用。
二、附睾炎囊肿的治疗
附睾囊肿治疗要看具体情况，如果是小的囊肿可以不用治疗，当囊肿增大且出现疼痛不适时，可手术切除。当附睾炎和囊肿两者同时存在时，应先进行消炎治疗，炎症退后再考虑是否行囊肿切除手术。