严重的勃起功能障碍可根据情况选择内服药物来治疗，也可选择局部治疗药物或是服用一些补肾的药物，如5型磷酸二酯酶抑制剂、补肾益脑丸等，对改善勃起功能障碍会有一定的作用。
1.口服药物
可选择5型磷酸二酯酶抑制剂，临床效果比较好，如万艾可，其是治疗男性勃起功能障碍最有效的药物之一，还有希爱力，属一种长效5型磷酸二酯酶抑制剂，可让海绵体平滑肌松弛，海绵体充血胀大，从而延长性生活时间，增加阴茎勃起硬度。
2.局部药物
局部治疗勃起功能障碍的药物主要就是前列腺素E1，这是一种海绵体注射血管活性药物，疗效不错，不过因为是有创操作，因此会引起疼痛。
3.中成药
有一些中成药对改善勃起功能障碍也会有一定的效果，如补肾益脑丸，服后有的患者可增加阴茎的勃起硬度。