隐匿性包茎手术后可能会出现包皮的水肿、包皮感染甚至坏死，阴茎及尿道海绵体损伤可能导致术后形成阴茎背侧神经损伤、硬结疼痛、勃起功能障碍等。但如果术后遵医嘱恢复，产生后遗症的几率较小，患者不必过度担心。
隐匿性包茎是阴茎发育异常的畸形性疾病，阴茎只缩藏于体内，将阴茎皮肤向内挤压阴茎体会露出，手放开则回缩。产生原因有阴茎皮肤发育不良过短或包皮腔过小，阴茎皮肤未包覆阴茎海绵体导致阴茎海绵体无支撑而缩回体内。
隐匿性包茎手术后可能出现手术切口感染、化脓。包皮手术切口通常不拆线不换药，但切口出于尿道口靠近肛门，可能出现红肿、感染、化脓等情况；由于包皮组织的特点，手术后可能出现水肿，水肿时间根据患者的体质不同有一定差异，通常可在1-2周消退；如果术中止血效果不好，还可能会由于渗血而引发血肿，导致局部感染。有疤痕体质的患者可能出现包皮口疤痕收缩狭窄而外观不理想的问题；由于隐匿性阴茎的患者龟头长期处在包皮之内，所以手术后龟头外露可能会出现比较敏感的情况，通常一段时间后可以逐渐缓解。如果手术中尿道海绵体损伤或损伤了阴茎的背神经，可能对术后勃起造成影响，比如勃起后疼痛、勃起功能障碍等。
通常来说，隐匿性包茎手术成功率高且不易产生后遗症，而不及时手术可能对患者的性能力以及日常生活、性生活造成不良影响，还会危害自身健康，所以建议患者及时进行手术。术后建议做好护理工作，注意卫生避免感染，合理饮食避免大幅度运动，更利于手术恢复。