神经性勃起功能障碍的治疗需依据患者的病情酌情处理，大部分患者难以治愈，少部分患者可以通过使用药物缓解或者手术恢复。患者可以使用西地那非、盐酸舍曲林片等增强大脑皮层对阴茎的调控，帮助改善症状。如果是由于神经传导异常等原因造成的，可以考虑手术治疗。目前，新型的干细胞疗法也用于生殖系统的再生和修复的研究中，有望为勃起功能障碍的患者带来福音。
神经性勃起功能障碍的患者需尽早到医院进行检查，通过血管功能评估、神经检查等评估病情严重程度并明确病因。通常，大部分患者可以通过药物、手术以及理疗的方式改善勃起障碍，少数轻症患者甚至可以治愈。患者可以使用西地那非、伐地那非等磷酸二酯酶抑制剂，以及雄激素等促进阴茎血液循环。此外，可以进行阴茎静脉结扎或者血管重建等手术来尽可能地缓解症状，并结合 冲击波治疗等改善患者的阴茎血管功能。
神经性勃起功能障碍主要是由于中枢神经或者外周神经受到损伤，从而引起阴茎勃起障碍，影响性生活。比如脑肿瘤、帕金森、脑卒中等中枢神经疾病，以及腰间盘突出、脊髓病变、椎管狭窄、糖尿病等周围神经疾病都会影响交感神经，从而导致勃起障碍。此外，一些外科手术造成的损伤也可能是病因。由于该病病因复杂，通常较为难治，患者需首先治疗原发性病症，才能有助于该病的恢复。
由于大部分神经性勃起功能障碍是由于中枢神经病变等引起的，因此治疗较为困难，患者需对原发性病灶进行治疗，才能改善勃起功能。对于骶椎以上的中枢神经病变，可以使用他达拉非、西地那非等抑制剂缓解症状。对于骶椎以下的中枢神经病变，通常需要手术改善神经的传导，或者选用阴茎假体植入。