淋巴肉芽肿是感染病原体所致，这种疾病无法通过磁共振查出来。一般可查出本病的方法有血清学补体结合试验、微量免疫荧光试验、病理组织、衣原体涂片及培养等。
1、血清学补体结合试验
在血清学补体结合试验当中，可疑病人在感染沙眼衣原体4周之后可出现阳性，其滴度常常大于1:64，这对本病的诊断有一定的意义。
2、微量免疫荧光试验
微量免疫荧光试验比补体结合试验要强，具有一定的敏感性与特异性，可用来鉴别本病和其他的衣原体感染疾病，但是通常滴度大于>1:512才有意义。
3、病理组织
在病理组织学检查当中，初疮往往呈非特异性改变，其坏死的区域绕以上皮样细胞与富有浆细胞的肉芽组织。一般有高度淋巴结变化可疑本病，大多是由分散的上皮样细胞岛组成，而随着上皮样细胞岛不断的增大、坏死，就可形成特有的星状脓疡。而星状脓疡当中含有巨噬细胞、中性粒细胞，同时绕以上皮样细胞及浆细胞的慢性肉芽组织。
