阴茎短小可能是遗传、肥胖、发育不良、隐匿性阴茎、外伤等因素导致的，需要针对病因治疗，可采取的方法有减肥、药物治疗、手术治疗等。
1. 遗传：
部分男性阴茎短小与遗传有关，家族中若有类似情况，后代出现的概率相对较高。这种情况下，阴茎在青春期发育后仍较同龄人短小。一般可通过手术治疗，如阴茎延长术，通过切断阴茎浅悬韧带及部分深悬韧带，使埋藏于耻骨联合前方的海绵体成为游离部分，从而增加阴茎的有效长度。
2. 肥胖：
肥胖会使腹部、会阴部脂肪堆积，导致阴茎大部分埋藏于脂肪内，从外观上看显得短小。解决办法主要是减肥，可通过控制饮食，减少高热量、高脂肪食物摄入，增加运动量，如跑步、游泳等有氧运动。若减肥效果不佳，也可考虑行脂肪抽吸术，去除耻骨联合前的脂肪垫，使阴茎外露部分增加。
3. 发育不良：
在青春期时，若因营养不良、过度手淫等原因，可能影响阴茎的正常发育。对于这种情况，可在医生指导下使用药物辅助治疗，如十一酸睾酮软胶囊、复方玄驹胶囊、补肾益脑丸等，同时要保证营养均衡，多吃富含蛋白质、维生素的食物，避免过度手淫。
4. 隐匿性阴茎：
隐匿性阴茎是一种先天性发育异常，阴茎海绵体及尿道海绵体发育正常，但阴茎肉膜发育异常，限制了阴茎的正常伸展。主要治疗方法是手术，如隐匿阴茎成形术，通过手术解除肉膜对阴茎的束缚，使阴茎能够正常外露。
5. 外伤：
阴茎受到外伤，如严重的撞击、切割伤等，损伤阴茎海绵体或影响阴茎的血液供应，可能导致阴茎短小。这种情况需要及时就医，根据损伤的程度进行相应的治疗，如手术修复海绵体、改善阴茎血液循环等。
若发现阴茎短小，应及时到正规医院男科或泌尿外科就诊，明确原因后在专业医生指导下进行治疗，不可自行盲目用药或采取不恰当的治疗方法。