阴囊上有小肉粒可能是皮脂腺异位、阴囊湿疹、尖锐湿疣、传染性软疣、毛囊炎等因素，需要针对病因治疗，可采取的方法有药物治疗、物理治疗、手术治疗等。
1. 皮脂腺异位：阴囊皮肤中的皮脂腺发育异常，形成小肉粒。一般无明显症状，通常不需要特殊处理。若觉得影响美观，可采用激光、冷冻等物理方法去除。激光治疗能精准破坏皮脂腺组织；冷冻治疗则是利用低温使病变组织坏死脱落。治疗后要保持局部清洁干燥，避免感染。
2. 阴囊湿疹：多因局部潮湿、摩擦、过敏等引起。阴囊处会出现小肉粒样丘疹，伴有瘙痒。可外用炉甘石洗剂、地奈德乳膏、他克莫司软膏，遵医嘱用药。炉甘石洗剂能起到收敛止痒作用；地奈德乳膏可抗炎抗过敏；他克莫司软膏调节免疫。同时要避免搔抓，保持阴囊干爽，穿宽松透气内裤。
3. 尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染所致，通过性接触传播。阴囊出现单个或多个小肉粒，质地柔软，顶端尖锐。可外用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊、氟尿嘧啶乳膏，遵医嘱用药。也可采用激光、电灼、冷冻等物理治疗，较大疣体需手术切除。治疗期间禁止性生活，性伴侣需同时检查治疗。
4. 传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起。表现为半球形丘疹，中央有脐凹。可在局部消毒后，用镊子将软疣小体挤出，然后涂抹碘伏。也可外用维A酸乳膏、水杨酸软膏、酞丁安乳膏，遵医嘱用药。平时要注意个人卫生，避免搔抓，防止自身接种传染。
5. 毛囊炎：因细菌感染毛囊引发。阴囊毛囊处出现红色丘疹，有时顶端有脓疱。可外用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏、红霉素软膏，遵医嘱用药。莫匹罗星对革兰阳性球菌有较强抗菌活性；夫西地酸抑制细菌蛋白质合成；红霉素能抑制细菌生长。要注意局部清洁，避免挤压，防止炎症扩散。
治疗期间要严格按照医生嘱咐用药和护理，保持阴囊部位清洁卫生，避免食用辛辣刺激性食物，减少局部摩擦，定期复查，以便及时了解恢复情况，若有异常及时与医生沟通。