非淋菌性尿道炎与梅毒、淋病一样都是属于高发性的传染疾病。在欧美国家，该病的发病率也都已经超过淋病，成为传染性性病的头号威胁。由于非淋菌性尿道炎的发病较为缓慢，且病程较长，因此相比淋病其带来的合并症更多。假若非淋菌性尿道炎所带来的是前列腺炎等合并症，这大大地增加治疗关于这种疾病的难度，因此，患者一旦患上非淋菌性尿道炎则需要及早进行治疗，彻底康复才能够避免其合并症所带来的健康威胁。
而在治疗过程中，非淋菌性尿道炎除了需要一定的医学手段的治疗，药物治疗是主要的治疗方法。患者在使用药物时，需要按时、按量用药，连续用药，不可中途停止服药，且停药不能过早。
在治疗时，患者一定要到正规医院进行治疗，不要随便听信街上某些小广告上的什么药可以治疗。选取药物是还需要要根据患者的具体情况而定，而且在检查时，患者不要向医生隐瞒病史，也不要自己滥用抗生素药物，以免延误治疗。要配合医生治疗，严格遵守医嘱，非淋菌性尿道炎是可以康复的。因此不要因为治疗病程漫长而丧失治疗信心。
许多患者在治疗时为了能够快点摆脱这种疾病所带来的困扰和折磨，都不断使用抗生素导致病菌产生一定抗药性，而影响疗效。事实上，非淋菌性尿道炎是完全可以治愈的，但患者必须要正规治疗，遵循及时足量、规则用药的原则，根据不同病情、药物敏感试验结果等，合理选用相应的抗生素治疗。
目前治疗非淋菌性尿道炎的药物主要有以四环素类、大环内酯类药物为主，近几年来常用治疗该病的药物主要有阿奇霉素、美满霉素，这是由于它们的疗效较四环素高，有效率约90%以上。磺胺类、利福平对衣原体有效，对支原体无效。庆大霉素、新霉素、多粘菌素对衣原体无效。链霉素、壮观霉素对衣原体无效，对支原体有效。孕妇及儿童不宜用四环素、强力霉素、喹诺酮类药物，可选用红霉素。
除了按规则用药，患者还需要在日常中注意个人卫生从而避免引发非淋菌性尿道炎。在生活中要患者还需要注意正常性生活的卫生，建立良好的个人卫生习惯。避免婚外性交、制止性乱现象，这样治疗过程时才能够起到更好的治疗效果!