医生在为患者进行非淋菌性尿道炎的诊断时，医生诊断时还需要详细询问患者是否有不洁性交史，或者是否经常更换性伴侣以及是否没有在性生活时采取安全措施如戴安全套等。医生还要根据患者的身体状况，详细询问相关疾病的潜伏期和症状，从而结合自己自身的临床经验进行对患者作出初步的判定。
一般非淋菌性尿道炎的潜伏期是3-4天，在诊断过程，还得与检查结果进行统一分析，在进行非淋菌性尿道炎诊断可以选择哪些呢?
第一，尿道分泌物的检查、培养排除淋球菌、念珠菌及其他细菌感染的检查都能够诊断该疾病，在检查时假若发现在涂片有大量白细胞，选择10-15个以上/400倍，5个以上/1000倍显微镜检。如果在显微镜的视野下，检查非淋菌性尿道炎可以看出多形核白细胞超过15个，都能作为诊断的重要参考;
第二，通过尿道分泌物或宫颈刮片，单克隆衣原体荧光抗体检查或培养。检查非淋菌性尿道炎标本取法：男性需要在2个小时以上不排尿，用棉拭子插入尿道2-4cm，轻轻旋转5秒，放置2-3秒，然后取出培养。女而性用窥阴器充分露暴宫颈，第一根拭子将宫颈表面分泌物擦掉，第二根拭子插 宫颈1-2cm，旋转10秒，停2-3秒，取出拭子，不要碰阴道壁。从而可以诊断患者是否患上非淋菌性尿道炎;
第三，有条件的患者在进行检查非淋菌性尿道炎时还可以进一步进行沙眼衣原体、解脲支原体等病原学检查，这些检查对疾病的确诊也起到一个重要意义;
需要注意，医生在进行对非淋菌性尿道炎进行诊断时，还需要将此表与淋病进行鉴别，而淋病和非淋菌性尿道炎的区别主要在于这两点：第一，病原体不同。非淋菌性尿道炎的病原体是沙眼衣原体和支原体、白色念珠菌、阴道毛滴虫等，而淋病的病原体是淋病双球菌。第二，临床症状不同。非淋菌性尿道炎的临床症状是分泌物呈乳白色，以慢性尿道炎的形式表现出来;而淋病的开始症状是自尿道口流出大量黄色脓性分泌物，以急性尿道炎的形式表现出来，从而大大提高最后确诊结果的科学性以及准确性。
