患者在进行诊断时，医生需要详细询问患者的病情状况以及症状、病史，再结合自身的临床经验以及典型临床表现即可做出诊断，必要时还需要结合实验室的检查结果，从而进行综合性判断，继而作出生殖器疱疹的诊断。
在诊断时，患者需要进行血液常规检查，另外还需要进行单纯疱疹病毒(HSV)分离培养与鉴定、HSV抗原抗体检测、PCR方法检测HSV-DNA，假若HSV分离培养与鉴定呈为阴性，又或者是HSV抗原抗体检测呈为阴性以及PCR方法检测HSV-DNA呈为阴性，从而可以得到诊断结果。
在诊断时，患者还需要将以下一些疾病进行鉴别判断：
第一，硬下疳
硬下疳是一期梅毒疹，潜伏期3-4周，呈单发性硬结或溃疡，溃疡比生殖器疱疹深，基底呈软骨样硬度，无自觉疼痛及触痛。
第二，软下疳
在性接触后3天左右于外生殖器容易发生单发或多发性浅表溃疡，基底柔软，边缘不整，呈穿凿状，自觉疼痛，触痛明显。
第三，白塞氏综合征
又名眼、口、生殖器综合征，这种疾病可能为自身免疫性疾病，与性生活接触没有任何关系。
第四，急性女阴溃疡
发生于女阴的急性疼痛性溃疡，多见于10-30岁的女性，且多数为未婚处女，与性接触无关。
第五，固定性药疹
与性接触无关，起病前有明确的服药史。红斑好发于皮肤黏膜交界处，严重时出现水疱、大疱及溃疡。
第六，性病性淋巴肉芽肿
又称为第四性病，由沙眼衣原体引起，潜伏期5-12日，病程分三期。
第七，外阴带状疱疹
带状疱疹是由水痘-带状疱疹病毒引起，水疱较大较多，疼痛明显，疱疹分布在一侧，治愈后不复发。
第八，外阴部固定红斑性药疹
发病与服药过敏有关，特别是服用磺胺类药物后，局部出现红斑、水疱、大疱、糜烂、溃疡，自觉痒痛难忍，通过抗过敏治疗有明显疗效。
因此，医生需要仔细将以上所述的疾病与生殖器疱疹进行鉴别，以免提高确诊的科学性和正确性，为今后治疗提供一个参考和鉴定。