医生在为患者进行生殖器念珠菌诊断时，医生需要结合患者的病史以及是否有不洁性交时或者是否有接触到带有病原体病菌的物品等经历时，通过检查结果综合性的诊断。
在进行诊断时，医生需要结合女性患者的念珠菌性外阴阴道炎所表现出来的症状如外阴阴道瘙痒、疼痛或刺痛、奶酪样或豆渣样白带、阴道检查见阴道壁上有假膜以及真菌检查阳性等特点进行诊断，男性患者的念珠菌性包皮龟头炎所表现出来症状如有不洁性交史或包皮过长、包皮龟头潮红、龟头有丘疹以及包皮内板或龟头冠状沟有奶酪样斑片;又或者是念珠菌过敏症或暴发性水肿性包皮龟头炎可有其各自的典型症状以及真菌检查阳性等来进行诊断。
而在诊断时，医生还需要将一些症状相似的疾病进行鉴别和诊断：
第一，男性非淋菌性尿道炎
这种症状相对较轻，主要表现为尿道瘙痒，不适或排尿困难，并还会伴有脓性分泌物，患者还会伴有膀胱炎，前列腺炎或附睾炎等疾病，通过尿道分泌物下能够可查到滴虫。
第二，滴虫性阴道炎
这种症状主要表现为阴道分泌物增多并且呈泡沫状，有时还会表现出浆液性或脓性，还会带有明显的恶臭味，并伴有尿道炎，膀胱炎，宫颈炎，尿道旁腺及巴氏腺感染疾病，有时候患者还会引发肾孟肾炎，主要表现为排尿困难，血尿及夜尿，在阴道检查下能够见到宫颈充血、阴道壁充血、水肿、并有出血点、呈草莓状外观的特征性表现，通过滴虫检测法能够查到阴道毛有出现滴虫。
第三，外阴皮肤病
由于女性的外阴阴道念珠菌病会出现外阴瘙痒或刺激症状的湿疹，因此医生需要经念珠菌病与神经性皮炎、外阴瘙痒症，扁平苔藓等皮肤病进行鉴别，这些皮肤病仅仅只有有外阴瘙痒或外阴炎的症状和体征，没有出现阴道炎其他表现，通过阴道分泌物的真菌镜检或培养下可以发现为阴性。
因此，诊断时患者需要积极配合医生的诊断，需要将自己症状如实反馈给医生，从而可以提高最后诊断结果的正确性。