在诊断尖锐湿疣时，医生需要根据患者是否有不洁性交史，以及其典型皮损为生殖器或肛周等潮湿部位出现丘疹，乳头状、菜花状或鸡冠状肉质赘生物，表面粗糙角化的表现症状，并且再根据自己的临床经验来对患者的病情进行诊断。
一般患有尖锐湿疣大多数都有不洁性生活史或配偶感染史，少数尖锐湿疣通过接触污染的用具感染，新生儿亦可通过产道受感染。潜伏期1～8个月不等，平均为3个月。医生再根据辅助检查的结果如醋酸白试验阳性，核酸杂交可检出HPV-DNA相关序列，PCR检测可见特异性HPV-DNA扩增区、带病理切片可见角化不良及凹空细胞等来给出患者最后诊断结果。
在进行诊断的同时，医生还需要将尖锐湿疣与以下疾病进行鉴别诊断：
第一，扁平湿疣：这种疾病的症状是多个湿丘疹融合成片状的皮损，多见于肛周，皮损处可查到梅毒螺旋体，梅毒血清试验呈阳性反应。
第二，珍珠状阴茎丘疹病：这种疾病多为沿冠状沟排列，针头及粟粒大小的皮色或淡粉红色丘疹，组织病理无凹空细胞。
第三，生殖器鳞癌：这种疾病多见于40岁以上或老年人，其皮损向下浸润因而容易发生溃疡，组织病理有特征性改变。
第四，鲍温样丘疹病：这种疾病多为棕红色或色素性小丘疹，通过组织病理学可以检查到异型鳞状细胞及类似原位癌的组织象。
第五，假性湿疣：损害为局限于小阴唇的粟粒大呈鱼卵状淡红色小丘疹或绒毛状改变，皮损表面光滑，醋酸白试验阴性，病理上无具有诊断意义的凹空细胞。
因此，医生在进行诊断时，还需要鉴别亚临床型尖锐湿疣，这种所谓亚临床型者就是使用肉眼都未能够发现疣体，但在组织病理上有尖锐湿疣的改变，发白试验阳性;有些与临床型同时存，不过在发白试验后就能够一目了然，这种疾病也会伴随宫颈原位癌或阴茎癌存，因此在诊断各种性病、尖锐湿疣或生于生殖器、肛门部位的皮肤肿瘤时，医生与患者可不要忽视亚临床型尖锐湿疣的存在。