肾脏内结石数目达到两颗或两颗以上被称为多发性肾结石。多发性肾结石的数量、大小、形状、所在部分和有无感染等并发症都会影响肾结石发作时的症状。多发性肾结石的症状主要包括肾绞痛，血尿、脓尿，急性梗阻性少尿、无尿和慢性肾功能衷竭。相对于只有一颗结石的结石病，多发性肾结石的症状表现得更为明显。多发性肾结石的症状表现：⑴慢性肾功能衰竭：⑵急性梗阻性少尿、无尿：个别由于肾结石长期刺激，导致肾内上皮化生，芦至发生磷状上皮癌，这时将呈持续性严重血尿。急性肾绞痛常伴明显肉眼或镜下血尿。结石停止移动数天后，血尿消失。少数结石引起完全性阻塞时可无血尿。结石若合并感染，则血尿和脓尿同时发生。⑶独肾（对侧肾缺如或无功能）患者或双侧输尿管结石，可引起急性梗阻性少尿或无尿。高血钾及严重酸中毒。临床表现，般为急性梗阻侧肾区疼痛、少尿或无尿、尿毒症、心力衰竭、高血压。⑷肾绞痛：患者肾区疼痛不明显，甚至无自觉性疼痛，主要表现为泌尿系感染、胃肠症状，贫血、心力衰竭、腹部包块或原因不明的发热，极易造成误诊。
单纯性肾囊肿究竟为先天性的还是后天性的，尚不明了。其起源可能与多囊肾相似，只不过是程度不同而已。目前的医学水平还没有治疗肾囊肿的特效方法。对于小的肾囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。无症状者应经常进行尿液检查，包括尿常规、尿培养，每半年至一年进行一次肾功能检查，包括内生肌酐清除率。由于感染是本病恶化的重要原因，所以若非十分必要，不要进行尿路创伤性检查。肾囊肿穿刺作用不大，不仅易于感染，易于复发，而且经过长期观察，该术也不能延缓肾功能损坏的发生。手术切除囊肿也不是一件容易的事，因为肾表面的囊肿可以切掉，但要切掉埋在肾脏深部的囊肿就相当困难。肿物较大且有恶变可能时，可以进行手术探查，如果证实为良性囊肿，可将肾表面的囊壁切除，边缘用肠线与肾实质连续缝合，残留囊壁涂以碘酊。一侧肾实质广泛破坏，对侧肾功能正常者，可行肾切除术。
通常无症状，多在体检或其它疾病做影像学检查时偶然发现。部分患者会感到患侧“腰背酸痛”的症状，往往也不是由肾囊肿直接导致的。一些非常大的肾囊肿，尤其是发生囊内出血或感染的肾囊肿会明显的产生腰腹疼痛不适症状。有的肾囊肿恰巧压迫了输尿管或肾盏颈部，会引起肾积水和继发感染，继而出现腰痛、发烧、尿路感染的症状。个别的单纯肾囊肿会发生囊壁癌变，癌变率约为1%“高密度肾囊肿”是指一些比较小的肾囊肿在平扫CT下呈现较高的或等同于肾脏的密度图像，不同于常见单纯肾囊肿表现，易于与肾脏小肿瘤混淆。其高密度来源于含高蛋白的或含血液成分的囊液。与肾肿瘤的鉴别要点是高密度肾囊肿在增强CT扫描时无密度改变。有经验的影像科医师能提供较为可靠的判断。
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