毛囊炎的最佳治疗方法是药物治疗，具体原因如下：
1. 毛囊炎是细菌感染引起的皮肤疾病，而药物治疗可以帮助杀灭大部分引起毛囊炎的细菌，从而消除毛囊炎的症状。
2. 毛囊炎可以导致皮肤瘙痒、疼痛等症状，严重影响患者的正常生活和工作。而药物治疗可以帮助患者缓解症状，提高患者的生活质量。
3. 毛囊炎可以引起皮肤破溃、化脓等并发症，而药物治疗可以帮助患者预防和治疗这些并发症，从而降低患者的病死率。
因此，对于毛囊炎患者来说，药物治疗是最好的选择。常用的药物包括抗生素、抗真菌药物、抗感染药物等。但是，患者应该在医生的指导下使用药物，避免滥用药物引起的不良反应和耐药性等问题。