治疗结肠炎最好的药物包括以下几种：
1. 抗感染药物：如柳氮磺胺吡啶和环孢素A，这些药物可以帮助减轻炎症和疼痛。
2. 抗抑郁药：如选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，如氟西汀和舍曲林，可以帮助缓解情绪症状，如抑郁和焦虑。
3. 抗组胺药：如盐酸地芬尼多，可以帮助改善胃肠动力。
4. 抗胆碱能药物：如硫酸阿托品，可以帮助缓解胃肠痉挛和腹泻。
5. 糖皮质激素：如布地奈德，可以帮助减轻炎症和疼痛。
6. 免疫抑制剂：如硫唑嘌呤和甲氨蝶呤，可以帮助控制炎症和免疫反应。
以上药物都有其特定的适应症和副作用，应在医生的指导下使用。