畸形率高98%怀孕了可能会胎停，原因如下：
1. 畸形率过高，受精卵畸形率大大增加，而受精卵的质量对胚胎停育有着至关重要的影响。
2. 夫妻双方染色体异常，使胚胎停育的概率增加。
3. 精子质量、活力太差。
4. 女性激素水平不够，不能够支持妊娠。
5. 孕期女性受到情绪、压力、生活习惯、吸烟、酗酒等因素的影响。
有畸高畸形率的情况，建议夫妻双方进行全面的检查，排除一切不利因素，听从专业医生的建议，进行积极治疗。
