新生儿衣原体肺炎是一种严重的疾病，原因如下：
1. 衣原体是一种专性微生物，对环境要求严格，需要在有生命的宿主细胞内完成生命活动。因此，衣原体不能在自然界中存活，也不能通过飞沫传播。
2. 衣原体肺炎的发病机制是衣原体侵入下呼吸道，引起感染和炎症反应。当衣原体侵入下呼吸道后，它们在肺部定植并开始繁殖，产生毒素和酶，破坏肺部组织，导致炎症反应。这些毒素和酶可以引起肺部组织的炎症、水肿和损伤，进而导致呼吸困难、发热、咳嗽等症状。
3. 衣原体肺炎可以引起严重的并发症，如胸腔积液、肺脓肿、肺不张和呼吸衰竭等。这些并发症可能导致新生儿死亡。
4. 衣原体肺炎的治疗需要使用抗生素，但新生儿免疫力较弱，使用抗生素可能会引起不良反应。
因此，新生儿衣原体肺炎是一种严重的疾病，需要及时诊断和治疗。