胫腓骨骨折三个月后，骨折处和脚踝有些疼痛可能有以下原因：
1. 骨折未完全愈合：在三个月的时间内，骨折可能没有完全愈合。这可能会导致疼痛和不适。
2. 疼痛是正常的愈合过程：即使骨折已经愈合，疼痛也可能是正常的愈合过程。这可能是因为骨折处的肌肉和韧带需要适应新的位置和角度。
3. 活动不当：如果在康复期间过度活动或者没有按照医生的建议进行适当的运动，可能会导致疼痛和不适。
4. 感染：骨折处可能会感染，这可能会导致疼痛和不适。
如果疼痛持续或者加重，建议咨询医生进行进一步的检查和治疗。
