骨髓移植后，由于移植的骨髓细胞与患者自身免疫系统之间存在不兼容性，患者的免疫系统会将移植的骨髓细胞视为外来物质，从而启动排异反应。排异反应会导致患者体内的免疫系统攻击移植的骨髓细胞，导致移植失败或移植后出现一系列严重的并发症。
为了避免排异反应的发生，医生会在骨髓移植前进行充分的配型和筛选，以确保移植的骨髓细胞与患者自身免疫系统尽可能的匹配。此外，医生还会给患者使用免疫抑制剂等药物来抑制患者的免疫系统，从而减少排异反应的发生。尽管如此，排异反应仍然是骨髓移植后常见的并发症之一，需要密切监测和及时处理。