每天醒来肩膀脖子酸痛可能是以下原因导致的：
1. 错误的睡姿：睡觉时，如果头部和颈部没有得到正确的支撑，就会导致肩膀和脖子的酸痛。例如，睡觉时使用过高或过低的枕头，或者睡觉时头部和颈部没有得到正确的支撑。
2. 长时间的坐姿：长时间的坐姿会导致肩膀和脖子的肌肉紧张和疲劳。这种情况可能发生在需要长时间坐在电脑前的人群中。
3. 运动受伤：如果在运动或者健身过程中，肩膀或者脖子受伤了，就会导致疼痛和不适感。
4. 疾病：有些疾病，如颈椎病、肩周炎、纤维肌痛综合症等，也会导致肩膀和脖子的疼痛。
5. 压力和焦虑：长期的压力和焦虑会导致肌肉紧张和疲劳，从而导致肩膀和脖子的疼痛。
综上所述，每天醒来肩膀脖子酸痛的原因可能是睡姿不正确、长时间的坐姿、运动受伤、疾病、压力和焦虑等。如果情况严重，建议及时就医。