早上起床两个肾有涨疼感觉可能是由以下原因引起的：
1. 肾脏疾病：肾脏疾病是导致肾脏疼痛的常见原因之一。例如，肾结石、肾盂肾炎、肾结核等疾病都可能导致肾脏疼痛。
2. 尿路感染：尿路感染是指细菌感染泌尿系统的疾病，包括膀胱炎、尿道炎、肾盂肾炎等。这些疾病都可能导致肾脏疼痛。
3. 肾结石：肾结石是指在肾脏或尿路中形成的固体结晶体。肾结石可以阻塞尿路，导致肾脏疼痛。
4. 腰肌劳损：长时间保持一个姿势，如睡觉时腰部不舒适，会导致腰肌劳损，从而引起肾脏疼痛。
5. 腰椎病：腰椎病是指腰椎受到损伤或疾病引起的疼痛。腰椎病也可能导致肾脏疼痛。
需要注意的是，如果肾脏疼痛伴随尿液异常、发热、恶心、呕吐等症状，应及时就医。