血清检查阴性不能完全确定梅毒的存在或不存在。这是因为梅毒的血清学检查结果可能存在假阴性或假阳性。假阴性是指血液中的抗体水平尚未达到检测的阈值，或者已经达到阈值但被免疫抑制物质所掩盖，导致检测结果为阴性。假阳性是指血液中存在非特异性抗体或其他交叉反应物质，导致检测结果为阳性，但实际上并不是梅毒。
因此，如果存在梅毒症状或高危行为，应该进行多次检测以确认梅毒的存在或不存在。此外，临床医生还需要综合考虑患者的病史、体征、实验室检查结果和影像学检查结果等多方面的信息，进行综合判断和诊断。
